1999
Pour suivre les dernières tendances, la R1 s’est dotée de nouveaux coloris et décors en 1999.

2000
Les améliorations apportées sur le modèle 2000 visent à améliorer encore la tenue de route et à donner au moteur une réponse plus linéaire. Tout en conservant la même base et le même dessin, les ingénieurs ont amélioré de nombreux détails pour donner encore plus de potentiel à la machine. Changements les plus notables : nouveaux réglages de la carburation, réduction des frottements dans le moteur, boîte de vitesses plus précise et gain de poids sur de nombreux points.

Adoption d’un silencieux en titane et d’un tout nouvel habillage. Pour satisfaire aux normes EU-1, les émissions sont réduites par l’adoption du système d’admission AIS et le poids, enfin, descend à 175 kg.

2001
L’année 2001 est marquée par l’adoption de nouveaux coloris et décors pour donner à l’YZF-R1 un look à la dernière mode.

2002
Une nouvelle génération de R1 apparait en 2002 développée pour encore améliorer les performances en virage et procurer un meilleur contrôle au pilote.
Elle est dotée d’une toute nouvelle partie cycle avec un cadre à partie arrière boulonnée conçu en accord avec de nouvelles suspensions avant et arrière.
La géométrie de la fourche avant est revue et les tubes de fourche passent de 41 à 43 mm tandis que le débattement est réduit de 135 à 120 mm pour améliorer le contrôle et procurer un meilleur senti de la moto au freinage et en virage.

Le nouveau moteur est monté plus haut dans le cadre pour se rapprocher de l’axe de rotation de la moto et la R1 adopte une alimentation par injection qui lui permet de passer largement les normes EU-2 d’antipollution, beaucoup plus sévères.

Les dimensions générales et l’architecture du moteur restent similaires à l’ancienne R1 bien qu’une grande partie des composants de la moto soit totalement nouvelle. L’admission d’air est gérée par une valve à piston actionnée par dépression pour garantir une réponse directe et en douceur de la commande de gaz. Les cotes internes du moteur passent à 74 mm d’alésage et 58 de course et la boîte à air est modifiée pour avoir une admission frontale de l’air frais. Résultat de cet ensemble de modifications : la puissance passe à 152 ch et le poids à sec est réduit à 174 kg.

L’habillage de la R1 est une nouvelle fois entièrement redessiné. Le nouveau système d’échappement, 4-en-1 puis en 2, est désormais entièrement en titane, y inclus les tubes de sortie, le nouveau bras oscillant asymétrique laissant tout le passage nécessaire à cet échappement redessiné. Les roues sont allégées et les freins adoptent de nouveaux étriers facilement reconnaissables à la couleur orange des caches, qui étaient bleus sur les modèles précédents.

Autre amélioration de détail : l’adoption d’un indicateur lumineux du rapport engagé.

2003
En 2003 de nouveau, la R1 se met au gout du jour en adoptant de nouveaux décors et coloris.

2004
La R1 génération 2004 est totalement nouvelle et offre, pour la toute première fois sur une moto de série, un rapport poids puissance de 1 à 1 avec 172 ch et 172 kg à sec !

Le nouveau carénage, très sexy, comporte quatre phares qui rendent la R1 reconnaissable au premier coup d’œil. Elle est tout aussi facilement identifiable de l’arrière avec ses deux sorties d’échappement sous la selle. Le système d’échappement est tout nouveau et, comme auparavant, entièrement en titane.

Le moteur est considérablement allégé et ses côtes sont désormais très super carrées (alésage x course : 70 x 53.6 mm) pour permettre de plus hauts régimes et une plus grande puissance. Le régime maxi passe à 12 500 tr/mn, soit 2 000 ours de plus que sur la version précédente.

Ce modèle utilise aussi, pour la première fois dans l’histoire de la R1, une admission d’air forcée. La pression d’air augmentée par la vitesse fait ainsi grimper la puissance maxi à 180 chevaux en mesure dynamique !
Le système d’admission d’air est optimisé par une série de valves papillon actionnées par moteurs électriques avec une gestion électronique.

Le rapport de compression passe à 12,4 à 1 et les cylindres sont inclinés de 40 ° vers l’avant de telle sorte que les deux longerons du nouveau cadre soient plus rectilignes et resserrés sur la partie arrière. La largeur du cadre est ainsi réduite de 64 mm et le réservoir d’essence est lui aussi plus étroit pour améliorer la position de conduite.
La culasse étant dorénavant sous le cadre et ce cadre étant plus rigide, le moteur n’est plus utilisé comme élément porteur Yamaha revient au bloc-cylindres séparé et boulonné au carter abandonnant le concept carter-cylindres en une seule pièce des versions précédentes.

La géomètre du châssis et ses composants sont fortement influencés par l’expérience de Yamaha en MotoGP. La R1 utilise par exemple un bras oscillant en crosse et un montage radial des étriers de frein et du maitre cylindre. Les roues à cinq branches sont, elles aussi, nouvelles et plus légères que jamais.

2005
Nouveaux coloris et décors pour 2005.

2006
Des améliorations de détails et principalement l’adoption de guides de soupapes plus courts à l’admission, font passer la puissance à 175 chevaux.

La partie cycle est également optimisée sur de nombreux points pour obtenir une meilleure répartition de la rigidité. Le bras oscillant est plus long de 20 mm améliorant ainsi le grip tout en augmentant la répartition des poids de 1 % sur l’avant. Les tubes de fourche externes sont dorénavant anodisés or.

2006 série SP
Cette année est aussi marquée par l’introduction d’une série limitée LP équipée d’un embrayage à glissement, de suspensions Ölhins (avec des réglages d’amortissement sophistiqués et un réglage de la hauteur de selle) et des roues Marchesini en aluminium forgé et branches en Y qui sont 400 grammes plus légères que les roues standards.

L’habillage et la partie cycle adoptent un coloris spécial GunSmoke (fumée de fusil) et la production pour l’Europe est limitée à 500 exemplaires.

2007
La cinquième génération de la YZF-R1 présentée en 2007 veut rivaliser en tenue de route avec les 600 cm3 et pour atteindre ce but un énorme travail est réalisé sur la répartition de la rigidité dans l’ensemble de la partie cycle.
Il en résulte un nouveau cadre, un nouveau bras oscillant et une nouvelle fourche équipée par ailleurs de nouveaux étriers à six pistons qui établissent de nouveaux standards en matière de freinage.

La R1 se dote des systèmes d’admission YCC-T (une technologie issue de la MotoGP avec une commande de gaz gérée électroniquement en fonction de nombreux paramètres) et YCC-I (un dispositif faisant varier la longueur des pipes d’admission pour les rendre plus longues aux hauts régimes). Le rapport de compression passe à 12,7 à 1 et dans le nouveau moteur qui n’a plus que quatre soupapes par cylindre contre cinq précédemment ces soupapes ultralégères sont en titane. La puissance atteint 180 chevaux et le poids à sec n’est que de 177 kg.

La R1-2007 est équipée en standard de l’embrayage à glissement apparu sur la R1-SP de l’année précédente. Enfin, pour satisfaire aux nouvelles normes EU-3 antipollution la R1 est équipée d’un pot catalytique à trois voies.

2008
La R1 se pare de nouveau de coloris et décors spécifiques.

2009
Après dix ans d’existence, la R1 franchit un nouveau grand pas : Il s’agit d’une machine entièrement nouvelle caractérisée par son calage irrégulier du vilebrequin et son ordre d’allumage. Cette technologie qui améliore l’adhérence et le contrôle de la moto en virage est directement issue de la M1 de MotoGP avec laquelle Valentino Rossi a été sacré champion du monde en 2008. Elle donne également à la nouvelle R1 un son tout à fait particulier, qui ressemble, plus que jamais, à un rugissement.

Le système d’injection gagne un second injecteur en complément de l’injecteur principal pour améliorer les reprises et les réponses du moteur des moyens aux hauts régimes. Le pilote a aussi désormais le choix entre différentes cartographies d’allumage pour adapter la puissance à son style de conduite.

Le système d’échappement, du type 4-en2 puis en 1, permet au moteur de parfaitement respirer en accord avec son nouveau calage. Serrés l’un contre l’autre, les silencieux de forme triangulaire sont disposés sous la selle.

Le moteur délivre 182 ch à 12 500 tr/mn, mais, conformément à un accord entre les différents constructeurs, le poids à sec n’est plus divulgué. Dorénavant seul le poids en ordre de marche (c’est à dire incluant tous les liquides et lubrifiants y compris le réservoir plein) sera mentionné. La nouvelle YZF-R1 atteint ainsi le poids ultra compétitif de 206 kg.

La partie cycle entièrement nouvelle est conçue pour exploiter à fond le potentiel du nouveau moteur. Ce moteur redevient un élément porteur. Les cylindres sont inclinés de 31 ° vers l’avant et l’ensemble du moteur est monté plus en avant pour procurer une meilleure adhérence à la roue avant. Les repose-pieds sont réglables et la très légère boucle arrière du cadre est en magnésium.

L’amortisseur arrière dispose désormais d’un réglage de l’amortissement en compression différencié pour les hautes et basses vitesses.
Dans la fourche avant, l’amortissement en détente est dans le tube droit tandis que le système d’amortissement en compression se loge dans le tube gauche. Cette disposition permet un réglage plus en finesse, plus facile et simplifie le circuit d’huile interne. Les deux réglages sont aisément accessibles sur le dessus des tubes de fourche.

L’habillage de la R1 est aussi totalement nouveau. Un nouveau mécanisme interne aux projecteurs de passage de feux de croisement en feux de route a permis de ne conserver que deux optiques de phare contre quatre précédemment dont deux étaient utilisées en feux de route et deux en feux de croisement.

2010
Nouveaux coloris et décors en 2010.